1978 වර්ෂයේ පාලි හා බෞද්ධ අධ්යයන අංශයේ අංශාධිපති බවට පත් වූ ඔහු පුරා අවුරුදු තුනක් එම ධූරයෙහි කටයුතු කරනු ලැබීය. 1987 අප්රේල් මස 16 වන දින සිට ක්රියාත්මක වන පරිදි කැලණිය විශ්වවිද්යාලයේ වැඩ බලන උපකුලපති බවට පත් විය. මහාචාර්ය එම්. එම්. ජේ. මාරසිංහ මහතා 1987 නොවැම්බර් මස 09 වන දින දක්වා කැලණිය විශ්ව විද්යාලයේ වැඩ බලන උපකුලපති වශයෙන් සේවය කළ අතර 1987 නොවැම්බර් 10 වන දින සිට 1993 නොවැම්බර් 10 වන දින දක්වා කැලණිය විශ්ව විද්යාලයේ උපකුලපති වශයෙන් විශ්ව විද්යාලයේ සංවර්ධනය වෙනුවෙන් දැඩි කැපවීමෙන් කටයුතු කර තිබේ.
මහාචාර්ය මාරසිංහ මහතාගෙන් සිදු වූ සුවිශේෂ සිදු වීම් අතර 1991 වර්ෂfය් උතුරු කොළඹ පෞද්ගලික වෛද්ය පීඨය කැලණිය විශ්වවිද්යාලයට අනුබද්ධ කිරීමට කටයුතු කිරීමත්, කල්යාණි සඟරාව ඉංග්රීසි මාධ්යයෙන් ආරම්භ කිරීමත් ප්රධාන කොට සැලකිය හැක.
මහාචාර්ය මාරසිංහ මහතා 1989 වර්ෂයේ සිට 1991 වර්ෂය දක්වා පොදු රාජ්ය මණ්ඩල සංගමයේ පාලක සභා සාමාජිකයෙකු වශයෙන් ද ශ්රී ලංකාවේ උපකුලපතිවරුන්ගේ හා අධ්යක්ෂවරුන්ගේ සංගමයේ සභාපති වශයෙන් ද කටයුතු කර තිබේ.