කැලණිය විශ්වවිද්යාලයේ සත්ත්ව විද්යා අධ්යයන අංශයේ කථිකාචාර්යවරයකු වශයෙන් සේවයට බැඳුණු ඔහු තම සේවා කාලය තුළ දෙවරක් අංශාධිපති තනතුර හෙබවිය. මහාචාර්ය විජයරත්න මහතා 1995 අගෝස්තු මස සිට 2001 අගෝස්තු දක්වා විද්යා පීඨයේ පිඨාධිපති ධූරයෙහි කටයුතු කළේය.
ඔහු මත්ස්ය ජීව විද්යාව, මත්ස්ය කළමනාකරණය සම්බන්ධයෙන් කෘති 12ක් රචනා කර තිබේ. තම පර්යේෂණ දක්ෂතා ලොවට හෙළිකරමින් වසර කිහිපයක දී ම විද්යාත්මක ප්රකාශන සඳහා වන ජනාධිපති සම්මාන හිමි කරගනිමින් කැලණිය විශ්වවිද්යාලයට ගෞරවයක් ලබා දීමට කටයුතු කළේය.
මහාචාර්ය විජේරත්න මහතාගේ සංකල්පනාවකට අනුව අධ්යයන හා අනධ්යයන කාර්ය මණ්ඩලසාඵල්යය අගය කිරීම සඳහා වන උපකුලපති සම්මාන ප්රදානෝත්සවය ආරම්භ කිරීමට කටයුතු කළේය. ඒ මගින් අධ්යයන කාර්ය මණ්ඩලයේ මෙන් ම අනධ්යයන කාර්ය මණ්ඩලයේ කාර්යයන් ද අධීක්ෂණය කිරීමට පියවර ගත්තේය.
මහාචාර්ය විජේරත්න මහතා 2005 වර්ෂයේ සිට 2008 වර්ෂය දක්වා කැලණිය විශ්වවිද්යාලයෙහි උපකුලපති වශයෙන් සේවය කරනු ලැබීය.